La cronologia di ogni account WhatsApp viene occasionalmente memorizzata e sincronizzata con una copia di backup situata sul server dell'applicazione. Questa misura consente l'uso simultaneo di un account su più dispositivi o il suo trasferimento completo quando si cambia numero di telefono.
WhaSpy sfrutta la diffusa vulnerabilità delle reti cellulari basate su SS7 utilizzando la falla di sicurezza degli operatori mobili e intercettando a distanza un pacchetto di dati in entrata per numero di telefono (compreso il codice QR necessario per verificare WhatsApp). Successivamente, la cronologia dell'account compromesso viene caricata sul dispositivo Android virtuale. Quindi viene creato un archivio con la cronologia dell'account, disponibile per il download sulla Dashboard.